蛟川書院自建成以來，堅持“質量立校，科研強校，管理治校，服務興校”的辦學理念，和“發展個性，形成特色，提升品位”的辦學思路，經過十幾年的努力，已初步形成以“德智并舉 和而不同”為特色的辦學風格。
第一，堅持德智并舉，德育為先，以培養學生健康、陽光的心理品質和健全的人格為目標，實現素質教育的全面推進。通過開展業余團校、德育課堂、社會實踐、藝術節等豐富多彩的活動營造出“和而不同”的校園文化氛圍，對學生良好行為習慣和高尚道德情操的養成產生潛移默化的作用。
第二，堅持面向全體，鼓勵個性發展。書院堅持“人人都有亮點”的人才觀，注重全面提高課堂教學質量，每個學生在初中三年都有長足的進步，同時，廣泛開設拓展性課程，挖掘學生潛力，拓寬學生視野，充分發揮學生的個性特長。
第三，注重培養學生良好的思維品質和學習習慣。課堂教學突破傳統的以教師為中心的模式，倡導由教師引導的師生有效互動、學生積極參與思考，讓學生通過思考發現問題，解決問題，真正學會學習，成為學習的主人。
第四，“輕負高質”全面貫徹于教育教學實踐環節。深入落實學生主體觀，努力探索由封閉型向開放型轉變的教育模式，將課堂的主動權和話語權交還給學生，充分實施彈性作業，多元化教學評價體系，使學生的合作學習和主動探究能力全面提升，讓學生輕松快樂地成才。
第五，陽光體育練就健康體魄，藝術教育蔚然成風。學生每天有足夠的活動時間和活動量，廣泛開設群體性體育活動，由傳統競技型運動技能為主轉向學生體魄、心理素養、運動技能、興趣特長的全面發展，增強學生體質，培養學生終身鍛煉的意識。近二十個體育藝術類社團定期開展活動，同時特聘優秀教練進行專業指導，讓每位學生都能夠找到適合自己發展的空間。
第六，保持同新加坡、英國、新西蘭等國的中學的密切交流與合作，為優秀學生出國深造創造機會。
